Impliquée dans l'attentat terroriste du Kremlin, l'agence Mission Impossible (IMF) est totalement discréditée. Tandis que le président lance l'opération ''Protocole Fantôme'', Ethan Hunt, privé de ressources et de renfort, doit trouver le moyen de blanchir l'agence et de déjouer toute nouvelle tentative d'attentat. Mais pour compliquer encore la situation, l'agent doit s'engager dans cette mission avec une équipe de fugitifs d'IMF dont il n'a pas bien cerné les motivations…